Jönköping fick sina stadsprivilegier 1284 av kung Magnus Ladulås. Det var en viktig knutpunkt för handel och sjöfart. Hit red kungarna på sin Eriksgata och här fanns under ett par hundra år ett mäktigt franciskankloster. Klostrets inflytande märks fortfarande i gatunamn som Klostergatan, Kapellgatan, Munkgatan. Det var vid Munksjön som klostret, invigt 1283 låg. Med munkarna kom kunskapen om både odling och läkedom. Här fanns Helgeandshus (sjukstuga, fattigstuga) och Sankt Örjans kapell samt ett själakapell huvudsakligen använt för själamässor för avlidna.
Viktor Rydberg, Jönköpings store diktarson skrev: ”Jönköpings kloster hörde inte till de största i riket men dess hushållning var blomstrande av det inte endast genom andras fromma gåvor utan även genom brödernas egna arbete. Närmast kring klostret (ungefär där länsstyrelsen idag ligger) var en trädgård. Söderut vid Munksjön låg ett av bröderna drivet tegelbruk. Åkrar och ängar ägde de och skötte både på denna och andra sidan av Munksjön.”
Fredsförhandlingar ägde rum i klostrets kapitelsal 1357 med hertig Albrekt av Meckelburg som medlare mellan kung Magnus och sonen Erik som krävde rätten till kronan. 1466 var klostret åter plats för fredsförhandlingar mellan Sverige, Norge och Danmark. Trots att Gustav Vasa hade utfärdat skyddsbrev för klostret firades den sista katolska mässan år 1544 i klostrets kapell, sedan Gustav Vasa brutit med Rom. 1990 återkom franciskanerna till Jönköping. Den katolska församlingen, Sankt Franciskus församling, grundades 1946 av överlevande från koncentrationslägret Auschwitz och den nuvarande kyrkan på Torpa invigdes 1976.
Smålands Jerusalem
Jönköping har kallats Smålands Jerusalem, en bygd starkt präglad av väckelserörelser. Frikyrkligheten är betydande med många församlingar och det är tätt mellan missionshus, kapell och olika kyrkor. Idag finns också etablerade kyrkor från andra länder och kulturer som ex. Österns assyriska kyrka som köpt Johanneskyrkan av metodistförsamlingen. Jönköping kan både vara mål och utgångspunkt för pilgrimsvandringen.